Da Jakob Scharf i starten af december 2013 valgte at ansøge om at komme væk fra PET efter talrige afsløringer i Ekstra Bladet af et katastrofalt arbejdsmiljø i efterretningstjenesten, indgik han således en aftale med Justitsministeriet om, at han kun ville forlade stillingen til et andet job mod, at han kunne fortsætte frem til 2016 på sin nuværende lukrative kontrakt til 1,1 mio. kroner om året.
Ifølge Jakob Scharfs kontrakt, som Ekstra Bladet er i besiddelse af, skulle Scharf ellers, da han ansøgte om en forflyttelse, været røget ned i lønramme 38, som giver 60.000 kroner mindre om året. Hertil kommer, at han ville miste det personlige tillæg på knap 200.000 kr. om året, der knytter sig til stillingen som PET-chef.
